Gerade wenn man einen Peniskäfig über längere Zeit tragen möchte, ist Hygiene ein wichtiges Thema. Bevor man ihn überhaupt anlegt, sollte man dafür sorgen, dass er möglichst keimfrei ist. Bei Modellen aus Plastik oder Silikon muss man sich auf Seife und Desinfektionsmittel verlassen. Käfige aus Edelstahl/Metall kann man auch abkochen oder im Ofen durch Hitze desinfizieren.
Ein weiterer großer Unterschied ist, ob man beschnitten ist oder nicht. Unter der Vorhaut können sich Keime und Smegma leichter entwickeln, es entsteht auch schneller ein unangenehmer Geruch. Daher sollten Männer mit Vorhaut regelmäßig den Käfig abnehmen und ihren Penis gründlich waschen. Natürlich ist es sowieso immer von Vorteil, wenn man den Käfig auch einmal abnehmen kann, um sich zu waschen, zu rasieren und den Käfig neu zu desinfizieren. Daher lohnt es sich, wenn man im Vorfeld mit dem Gegenüber auch das Thema Hygiene einmal besprochen hat. Wenn der Käfig dann einmal verschlossen ist, sollte man wann immer möglich nach dem Toilettengang Penis und Käfig mit Wasser abspülen.
Benutzt nicht jedes Mal Seife, das kann sonst auf Dauer der empfindlichen Haut der Eichel schaden. Das ist aber meistens etwas, das man individuell für sich feststellen muss: Es gibt auch hautschonende Pflegemittel für den Intimbereich. Unter der Dusche kann man mit dem kräftigen Strahl des Duschkopfes den Käfig spülen. Hier kann man – wenn möglich – noch etwas mit den Fingern nachhelfen. Sonst hilft hier auch ein Wattestäbchen, das auch an schwerer erreichbare Ecken gelangt.